6つの物語によって奏でられる旋律――“言葉と旋律” の物語。

各章あらすじ
第1章“Down the Rabbit-Hole”　―― 「空と世界」の物語（主人公：水上由岐）
STORY:A
水上由岐は、空から降ってきたぬいぐるみを拾う。
ぬいぐるみを落とした少女、高島ざくろは言う。
それは〝空に帰る日〟を探す為の行為なのだと。
その日から由岐は、幼なじみの若槻姉妹、高島ざくろと共に
〝空の少女〟と〝世界少女〟とが出会う、その場所を探すことになる――
STORY:B
水上由岐は、会ったばかりの少女、高島ざくろにキスをされる。
彼女は言う――〝これからすごい事が起きますからね〟――。
次の日、学校では、ひとつの噂と共に不穏な空気が流れていた。
〝高島ざくろが自殺したらしい〟
その日から、由岐の日常は少しずつ狂い出す。
〝終の空〟へ向けて、少しずつ――
第2章“It’s my own Invention”　―― 「終わりと始まり」の物語（主人公：間宮卓司）
間宮卓司は偶然に、高島ざくろ自殺現場に居合わせる。
その日その時点から、間宮卓司の世界は周囲とズレ始める。
そして彼は行動を起こす。
〝救世主〟として、人々を〝空に帰す〟ために。
その空の名は――〝終の空〟――
第3章“Looking-glass Insects”　―― 「文学少女と化学少女」の物語（主人公：高島ざくろ）
高島ざくろは屋上で出会った少年に恋をする。
その少年は詩人、剣豪、哲学者、そして――空気力学のパイオニア。
一方で高島ざくろは、友人の橘希実香と共にイジメに遭っていた。
そして少女は選ぶ。
その選択肢が、世界の分岐点だとも知らぬまま――
第4章“Jabberwocky”　―― 「救世主と英雄」の物語（主人公：悠木皆守）
悠木皆守は〝破壊者〟だった。
ゆっくりと〝終の空〟へ向かう世界。
立ちはだかる〝救世主〟
自身の存在が揺らぐ中、
少年は妹のために〝英雄〟になることを誓う――
第5章“Which Dreamed It”　―― 「兄と妹」の物語（主人公：間宮羽咲）
間宮羽咲は、兄の帰りを待っていた。
何年も、何年も、ひたすらに、ただ、待っていた。
〝本当の兄〟が帰ってくるその日を――
第6章“JabberwockyII”　―― 「向日葵と坂道」の物語（主人公：皆守）
それは、物語の始まりの物語。
兄と妹。
その遠い日の記憶が、
〝終の空〟へと続く物語の発端だった――
新章“Knokin’on heven’s door”　（主人公：皆守、水上由岐）
フルボイスHD版で新規に追加されたルート。
向日葵の坂道の先――
ありえたかもしれない可能性の未来の話。
どこにでもありふれた２人の素晴らしき日々の先に、
待っているものはなんであろうか。